Dans une lettre au ministre du Développement durable, l’ancien ministre Louis Le Pensec a déclaré que la mission sur le chalutage en eau profonde, dont il assurait la présidence depuis le 12 août, et dont les conclusions étaient attendues pour le 30 octobre, n'avait « plus lieu d'être ». D’après les défenseurs de l’environnement, la technique du chalutage en eau profonde aurait des répercussions dramatiques sur la diversité de la vie sous-marine.
Louis Le Pensec justifie sa démission en expliquant que la France a déjà arrêté sa position en faveur de « l'arrêt des pêches profondes » et qu'elle la défendra devant l'Assemblée générale de l'ONU dans quelques jours. Selon lui, « le sort de ces pêches est scellé. Qui peut penser qu'ensuite, elle prendrait une autre position pour la zone économique exclusive ? », demande l'ancien ministre.
« une mission va être confiée à l'Ambassadrice des Océans - et membre de notre comité d'experts - ardente avocate de la cessation de cette activité, de conduire une action de sensibilisation de nos partenaires européens et étrangers pour faire avancer la cause de cette interdiction », indique Louis Le Pensec dans sa lettre de démission.
« On est très en colère. Tout le travail de partenariat qu'on a mis en place depuis neuf ans avec les scientifiques d'Ifremer est désavoué. Pour une raison de marketing politique, la décision de l'État français d'arrêter la pêche des poissons de grands fonds a l'air d'être engagée », a déclaré Fabien Dulon, directeur de la Scapêche, armement lorientais d'Intermarché.